NPO法人設立後の手続き・運営のコツ【現役理事長がわかりやすく解説】

せっかく立ち上げたNPO法人も、必要な手続きを知らずにいると、思わぬ法令違反や信頼低下につながってしまう恐れがあります。

実は、運営の“つまずき”の多くは、「何を・いつ・どうやるか」を知らないことが原因です。

この記事では、NPO法人の認証中〜設立直後、毎年やるべきこと、変更時の手続きまで。さらに、安定した運営のコツやよくある悩みの解決策も、わかりやすく解説します。

この記事を読むことで、「何を・いつ・どうやるべきか」が整理され、迷わず行動できるようになります。

NPO法人は“立ち上げて終わり”ではなく、“続けていく”ことで信頼と成果が育ちます。

地に足のついた運営体制を整え、あなたの想いを着実に形にしていきましょう。

NPO法人認証中〜設立直後にやるべき手続き・準備一覧

以下の４つが、NPO法人認証中～設立直後にやるべき手続き・準備する項目です。

税務署・自治体への書類提出（義務）

NPO法人を設立したら、まずは税務署や自治体などの関係機関に、所定の書類を提出することが必要です。

提出を怠ると、税務上のトラブルや助成金の申請に支障が出る可能性もあるため、早めの対応が重要です。

ここでは、収益事業をしないNPO法人が設立後に提出すべき最低限の書類をまとめました。

提出先	書類名	提出期限
都道府県税事務所	履歴事項全部証明書 定款の写し 法人設立届出書（※地域によって様式が異なる）	法人設立から2か月以内 （※地域によって期限が異なる）
市町村役場	履歴事項全部証明書 設立完了届出書（※地域によって様式が異なる） 法人設立時の財産目録	法人設立から2か月以内 （※地域によって期限が異なる）

収益事業をする場合の提出書類については、以下の記事で詳しく解説しています。（※準備中）

法人名義の銀行口座の開設（任意）

NPO法人としての活動を始めるにあたり、法人名義の銀行口座を開設しておくことをおすすめします。

個人の口座と分けることで、お金の流れが明確になり、会計処理がしやすくなるからです。

また、助成金の受け取りや会費の管理など、外部とのやり取りにおいても法人名義の口座は信頼性の証となります。

銀行口座を開設するにあたって、一般的に必要になるものは以下の通りです。

法人口座は、資金の受け取りや支払いをスムーズにするためにも、できるだけ早いタイミングで準備しておくと安心です。

助成金・支援制度の情報収集（任意）

活動を安定的に続けるためには、助成金や支援制度の情報を早めに集めておくことが重要です。

設立直後は自己資金に頼るケースが多いですが、助成金を上手に活用することで、活動の幅を広げたり、継続の土台をつくることができます。

実際に現場でも使われている情報収集の仕方をご紹介します。

情報収集先	内容
地域の市民活動センター	ローカルな助成金・相談会の情報が得られる
インターネットの助成金ポータルサイト	全国規模の最新情報をまとめて検索できる（例：CANPANなど）
自治体のHP	市区町村・都道府県が実施している独自の補助制度も
他団体の事例	似た分野のNPOがどんな助成金を活用しているかを参考にするのも有効

広報準備（SNS・チラシ・HPなど）（任意）

活動を広く知ってもらうためには、早い段階で広報の準備を始めることが大切です。

設立したばかりのNPO法人は、まだ知名度が低く、協力者や支援者を集めるのがむずかしい時期です。

しかし、SNSやチラシ、ホームページなどを通じて情報を発信することで、「共感」や「つながり」が生まれやすくなります。

無理なく始められる広報手段を、以下にまとめました。

広報手段	内容・ポイント
SNS（X、Instagram、Facebookなど）	まずはアカウントを開設し、活動の目的や設立の経緯を投稿。写真やストーリー性がある投稿が効果的。
チラシ	地域の掲示板や施設（図書館、公民館など）に設置。団体の概要・活動予定・問い合わせ先を簡潔に。
ホームページ	活動の紹介・設立趣旨・イベント情報・問い合わせフォームなどを掲載。無料サービスやWordPressでの作成も可。
LINE公式アカウント	登録者へのイベント情報配信などに活用。地域密着型の団体に特に有効。

NPO法人が毎年やるべき手続き一覧

NPO法人は、設立したら終わりではありません。

毎年、必ず実施しなければならない「義務」がいくつかあります。

どれも「やっていないとペナルティの対象になり得る重要な義務」です。

事業報告書等の提出（義務）

NPO法人は、毎年、所轄庁に「事業報告書などの書類一式」を提出する義務があります。

これを怠ると、法人としての信頼性を損ねたり、行政指導の対象になる可能性があります。

提出すべき書類は、以下の6点が基本です（所轄庁により若干異なる場合があります）。

提出書類	内容の概要
① 事業報告書	年度内に行った事業の概要と成果を記載
② 活動計算書	収入と支出の内容を記載（いわゆる損益計算書）
③ 貸借対照表	資産・負債・純資産の内訳を記載
④ 財産目録	法人の財産状況を明確にする一覧表
⑤ 役員名簿	その年度に在籍した理事・監事の情報
⑥ 社員名簿	その年度に在籍した社員（10名分）の情報

提出が必要な書類の詳細や記載方法については、以下の記事で詳しく解説しています。※準備中

社員総会の開催（義務）

NPO法人は、毎年1回以上「社員総会」を開催する義務があります。

この総会が適切に実施されていないと、所轄庁への報告ができず、法人運営上の不備と見なされる恐れがあります。

項目	内容
開催時期	毎事業年度終了後（多くは報告書提出前のタイミング）
出席対象	社員（≒正会員）全員 ※委任状参加も可
主な議題	事業報告の承認、活動計算書の承認、役員の選任・解任、定款の変更など
議事録	総会開催後、必ず作成・保管が必要（所轄庁へ提出は不要だが求められることあり）
書面議決・オンライン開催	定款で認められていれば可能

税務関連の手続き（義務）

NPO法人も法人格を持つ以上、税務署への届出や年に一度の申告など、一定の税務手続きが必要です。

たとえ収益事業をしていなくても、法人である以上、「収益がないことを証明する」ためにも確定申告書を提出する義務があります。

これを怠ると、無申告とみなされ、ペナルティが発生することもあります。

収益事業の有無によって、対応は次のように変わります。

状況	必要な手続き
収益事業をしていない場合	・法人税申告書の提出（所得ゼロでも必要） ・均等割の納税（都道府県・市町村）
収益事業をしている場合	・法人税、法人住民税、消費税などの申告・納付が必要 ・会計帳簿や領収書の保管義務も強化される

NPO法人が変更時にやるべき手続き一覧

NPO法人では、毎年の定期的な手続きに加えて、役員や定款の変更など、「変更があったときにだけ必要な手続き」も存在します。

主な手続きは以下の通りです。

それぞれ、所轄庁や法務局への届出が必要です。

役員の変更があったとき（義務）

理事や監事など役員に変更があった場合は、所轄庁に変更届を提出する必要があります。

役員の氏名・住所や人数に変更があるときは、最新の情報を行政に届け出ておかないと、事業報告や登記と整合が取れなくなり、トラブルの元になります。

変更時に必要な主な手続きは以下の通りです。

内容	詳細
提出先	所轄庁（都道府県または政令指定都市など）
提出期限	原則として変更から2週間以内
提出書類	・役員変更届出書 ・変更後の役員名簿 ・就任承諾及び誓約書（新任の場合のみ） ・住民票の写し（新任の場合のみ）
登記が必要な場合	代表理事が変更されたときは、法務局での登記も必要になります（登記も2週間以内が原則）

役員変更の具体的な流れや書類の記載例などについては、以下の記事で詳しく解説しています。※準備中

定款の変更があったとき（義務）

NPO法人の定款を変更した場合は、所轄庁に変更届を提出する義務があります。

一部の変更については、認証申請や登記も必要になるため、慎重な対応が求められます。

変更時に必要な主な手続きは以下の通りです

内容	詳細
提出先	所轄庁（都道府県や政令指定都市）
提出期限	変更から2週間以内（認証が必要な場合は認証取得後）
認証が必要な変更	活動目的、事業の種類、社員の資格や手続きなど「根幹に関わる部分」
認証が不要な変更	事務所所在地の移転（所轄内）、公告方法の変更、軽微な表現修正など
登記が必要な変更	所在地変更（管轄をまたぐ場合）や法人名称の変更など

定款変更の具体的な流れや書類の記載例などについては、以下の記事で詳しく解説しています。※準備中

解散・合併するとき（義務）

NPO法人を解散または他法人と合併する場合には、所轄庁への届出や登記などの法的手続きが必須です。

NPO法人の解散や合併は、単なる「活動の終了」や「団体同士の統合」ではなく、法的な人格の終了・移転を伴うため、法律に則った手続きが必要です。

書類不備や手続きの遅延があると、登記ができなかったり、財産の処理に支障が出る可能性もあります。

解散・合併時に必要な主な手続きは以下の通りです。

内容	詳細
解散の場合	社員総会の特別決議が必要（定款で別に定めがある場合を除く）
合併の場合	所轄庁の認証が必要（合併契約書の作成、総会決議、所轄庁認証）
共通の手続き	解散（合併）届出書の提出、清算人の選任と登記、清算法人の事業報告書提出、残余財産の処理など
登記	解散登記・合併登記は法務局で行う（解散は2週間以内が原則）

解散・合併するときの具体的な流れや書類の記載例などについては、以下の記事で詳しく解説しています。※準備中

NPO法人の運営を安定・継続させるためのコツ一覧

NPO法人を立ち上げた後に最も大切なのは、“継続”できる体制をつくることです。

ここでは、安定した活動を続けていくために意識しておきたい3つの視点を紹介します。

会計・記録を仕組み化する

NPO法人の運営を安定させるには、会計処理や記録作成を“仕組み”として整えることが不可欠です。

会計や記録の作業が「人に依存」していると、その人が忙しくなったり辞めたりしたときに、手続きが止まってしまいます。

また、事業報告や助成金申請の際には、正確な帳簿や議事録が“証拠”として必要になります。

以下のような工夫で仕組化を進めることができます

工夫	内容
会計ソフトの導入	freee、マネーフォワードなどNPO対応のクラウド会計を導入。自動仕訳や税理士との共有も簡単に。
フォーマットの統一	議事録や報告書、領収書添付フォームなどをテンプレート化。誰がやっても同じ品質に。
年間スケジュールの作成	書類提出・更新の時期を一覧にして可視化。Googleカレンダーなどと連携してリマインドも活用。
書類のクラウド管理	GoogleドライブやDropboxで共有すれば、担当者が変わっても情報が引き継げる。

助成金や資金の多様化

NPO法人の運営を安定させるには、複数の資金源を持つことが重要です。

会費や寄付だけに頼るのではなく、助成金や自主事業などを組み合わせることで、資金的な不安を軽減できます。

NPO法人の多くは資金不足が原因で活動が縮小・停止することがあります。

1つの収入源が途切れた時のリスクに備えるためにも、「複数の柱」を持つことが大切です。

資金源	内容
助成金	自治体・民間財団・企業など。設立間もない団体でも応募できる助成金もある。
会費・寄付	継続的な応援を得る手段。寄付のしやすさや“共感の可視化”がカギ。
自主事業	イベントの参加費、講座、グッズ販売など。地域ニーズと結びつければ収益性が高まる。
委託事業	自治体からの業務委託。実績が認められれば大きな柱になることも。

人とのつながりを育てる

NPO法人の運営には、信頼できる“人とのつながり”が欠かせません。

情報・人材・協力の支援など、人との関係性が活動の広がりと継続に直結します。

どんなに立派な活動内容でも、1人や少人数だけでは限界があります。

共感してくれる人、相談できる相手、手を貸してくれる仲間がいれば、困難な状況でも乗り越えやすくなります。

つながりの場	活用方法
他団体との連携	似た分野のNPOやボランティア団体と情報交換や共同事業を行う
市民活動センター	勉強会・ネットワーキングイベントへの参加や情報収集の拠点に
SNSやブログ	活動を発信し、共感・応援してくれる人との接点をつくる
地域住民や関係機関	自治会、学校、企業などと信頼関係を築くことで、協力や後押しが得やすくなる

NPO法人の運営でよくある悩みと解決のヒント

NPO法人を運営していると、「うちだけが困ってるのかも…」と感じる瞬間があります。

でも、実は多くの団体が同じような悩みを経験しています。

ここでは、特によく聞かれる3つの悩みと、それに対する解決のヒントを紹介します。

事務作業が追いつかない

NPO法人の運営でよくある悩みのひとつが、「日々の事務作業に手が回らない」というものです。

提出書類、議事録の作成、会計入力、助成金の報告…NPOの事務作業は意外と多く、本業の活動との両立に苦労している団体はとても多いです。

解決のヒント	内容
年間スケジュールを作成	提出期限・イベント・会議などをカレンダーにまとめ、全体像を把握
マニュアル・テンプレート化	議事録や会計報告など、フォーマット化して誰でも対応できる状態に
タスク管理ツールを活用	Googleカレンダー、Notionなどを使って、タスクの可視化と共有

「人手が足りない」ではなく「仕組みが足りない」——そう考えることで、解決の糸口が見えてきます。

ルールやフォーマットを整え、「誰でもできる状態」にしておくことが、継続運営のカギです。

資金繰りに不安がある

NPO法人の運営で避けて通れない悩みのひとつが、「お金の不安」＝資金繰りの問題です。

継続した活動のためには、計画的な資金確保と多様化が欠かせません。

多くのNPOが、会費・寄付・助成金のいずれか一つに依存しすぎることで、資金が途切れたり、活動の幅が狭まってしまう傾向があります。

解決のヒント	内容
自主事業を小さく始める	イベント、講座、物販などで収益の柱を増やす
クラウドファンディングに挑戦	共感を呼ぶストーリーで、一時的な資金を集めやすい
助成金の情報収集・管理	Googleアラートや中間支援団体を活用し、タイミングを逃さない
キャッシュフロー管理の習慣化	年間の資金の動きを見える化し、資金切れリスクを予防

「資金が足りない」ではなく、「どうしたら資金が増えるか・守れるか」を考えることが大切です。

小さな収益源を積み上げていくことが、安定運営への第一歩になります。

人手・役員が足りない

NPO法人の多くが直面するのが、「一緒に活動してくれる人がなかなか見つからない」問題です。

運営を続けていくためには、人が関わりやすい仕組みづくりや発信がカギになります。

「手伝ってほしい」と思っていても、外から見ると「閉じた団体」に見えてしまっていることがあります。

また、「時間がかかりそう」「責任が重そう」と感じられてしまうと、最初の一歩が踏み出してもらえません。

解決のヒント	内容
参加ハードルを下げる	「1回だけ」「30分だけ」など、小さな関わり方を提示する
役割を具体的に伝える	「何をどうやってやればいいか」が明確なら手伝いやすい
活動内容を“見える化”	SNSやブログで活動風景や声を発信し、共感を生む
関係づくりを意識する	地域イベントや交流会でゆるやかなつながりを育てる

“人が足りない”状況は、団体の努力だけでなく、「外への伝え方」で変えられる部分もあります。

関わりやすく、つながりやすい雰囲気をつくることが、仲間を増やす第一歩になります。

まとめ｜“続ける”ことがNPOの力になる

この記事では、NPO法人の認証中〜設立直後、毎年やるべきこと、変更時の手続きまで。さらに、安定した運営のコツやよくある悩みの解決策も、わかりやすく解説してきました。

要点をまとめると以下の通りです。

NPO法人の運営では、“何を・いつ・どうやるか”を明確にし、仕組みとして継続できる体制を整えることが重要なポイントとなります。

ぜひこの記事で紹介したポイントを参考に、無理なく続けられる運営体制を整え、あなたの想いを着実に社会に届けていってください。

さらに詳しく知りたい方はこちらの記事もどうぞ※準備中